El clima en las Bahías de Huatulco es cálido, sub-húmedo, con una temperatura media anual de 28 grados centígrados. En invierno se registra una temperatura mínima de 14 grados centígrados y una máxima de 38 grados centígrados en verano y finales de la primavera; esto, sin lugar a dudas es una garantía para el visitante que tanto busca descansar bajo la calidez del sol.

La vegetación de Bahías de Huatulco es exuberante, de intenso verdor en época de lluvia, cambiando mes con mes para llegar a un color ocre en diciembre que contrasta con el intenso azul del cielo. Se pueden encontrar las principales especies arbóreas, como el tepguaje, el cazarate, la amapola, los ficus mecianos, el colorín, así como selva baja espinosa, matorral espinoso, bosque de galería y manglar en el cordón litoral. Su fauna es típica de la zona neotropical, con ausencia de grandes mamíferos y depredadores; se encuentran las ratas de campo, ratones, tlacuaches, armadillos, conejos, ardillas, venado cola blanca.

Su fauna se encuentra aún a la orilla del desarrollo, es común encontrarse con reptiles, armadillos , ardillas y venado cola blanca.

Existe una gran variedad de reptiles, incluyendo la iguana que es muy popular en la región por su utilización en guisos de la zona, las boas, las víboras, así como una extensa variedad de aves,, donde las más importantes son los halcones, gavilanes, palomas, pelícanos, gaviotas, gorriones y colibrís, se dejan ver presumiendo su belleza en un entorno libre y natural.

Huatulco es rico en fauna marina, es común encontrar delfines y tortugas en un viaje por las Bahías, claro que un poco más abajo se encuentran el ostión, la langosta, el huachinango, la almeja y el caracol, los cuales despiertan nuestros sentidos culinarios.