A través de estos pasillos naturales podemos acceder a dos ríos subterráneos, el Chontalcoatlán, cuya extensión es de aproximadamente 8 kilómetros, y el San Jerónimo, que mide 12 km. Ambos están bordeados por playas de arena y la oscuridad es total en la mayor parte del camino.

Las grutas forman diferentes espacios que se conocen como "salones" y a lo largo de su recorrido encontramos diferentes formaciones calizas, como estalactitas y estalagmitas.

La naturaleza configuró las grutas de tal manera que la entrada al paraje es un amplio arco orientado hacia el este, que mide 40 metros de base y 12 de altura. En su interior se localizan más de 90 grandes salones, separados por enormes paredes de roca natural y comunicados entre sí por una galería principal.

La altura de las grutas oscila entre los 30 y los 70 metros; dentro de ellas hay un sendero que recorre los dos kilómetros del camino, la mayor parte iluminado con luz artificial.

Las grutas se abrieron al público en 1920, y el 23 de abril de 1936 fueron declaradas como Parque Nacional por el Gobierno de México.

Su flora, principalmente compuesta por selva baja caducifolia de clima cálido, abarca desde la jacaranda a la bugambilia, pasando por el casahuate, que da nombre a las grutas.

Dentro de su fauna encontramos diferentes especies animales como el tejón y el mapache y otras tantas protegidas como el águila real, el puma, el gato montés. También hay reptiles como la boa, la víbora de cascabel o diferentes especies de iguanas. Entre las actividades recreativas más frecuentes en la zona destacan los días de campo y el excursionismo.

El Parque Nacional no escapa del daño ecológico, por lo que se ha denunciado la deforestación, erosión y cambio de uso del suelo, agricultura, ganadería, incendios forestales provocados y cacería furtiva en la zona aledaña a las grutas.